Hari Selasa, 11 Jumada Al-Tsaniyah 1235 H atau 1820 M. ‘Abd Al-Latif, seorang kiai di Kampung Senenan, desa Kemayoran, Kecamatan Bangkalan,Kabupaten Bangkalan, Ujung Barat Pulau Madura; merasakan kegembiraan
yang teramat sangat. Karena hari itu, dari rahim istrinya lahir seorang
anak laki-laki yang sehat, yang diberinya nama Muhammad Khalil.
Kiai ‘Abd. Al-Latif sangat berharap agar anaknya di kemudian hari menjadi pemimpin ummat, sebagaimana nenek moyangnya. Seusai meng-adzani telinga kanan dan meng-iqamati telinga kiri sang bayi, Kiai ‘Abdul Latif memohon kepada Allah agar Dia mengabulkan permohonannya.
K.H.
Khalil berasal dari keluarga ulama. Ayahnya, K.H. ‘Abd Al-Latif,
mempunyai pertalian darah dengan Sunan Gunung Jati. Ayah ‘Abd Al-Latif
adalah Kiai Hamim, anak dari Kiai ‘Abd Al-Karim. Yang disebut terakhir
ini adalah anak dari Kiai Muharram bin Kiai Asra Al-Karamah bin
Kiai ‘Abd Allah b. Sayyid Sulaiman. Sayyid Sulaiman adalah cucu Sunan
Gunung Jati. Maka tak salah kalau Kiai ‘Abd Al-Latif mendambakan anaknya kelak bisa mengikuti jejak Sunan Gunung Jati karena memang dia masih terhitung keturunannya.